Bank sampah tunjung putih menjadi tempat penampungan bank akhir sampah dari kelas-kelas. Bank sampah ini hanya melayani untuk sampah kertas dan sampah plastic seperti botol aqua sedangkan sampah organik sudah terserap ke komposting. Setiap hari rabu dan jumat para siswa menyetorkan sampah kelasnya untuk dibawa ke bank sampah lalu kader bank sampah menimbang dan mencatat sesuai dengan kelas masing-masing. SMA Negeri 6 Yogyakarta menggunakan 3 R (Reuse, Reduse, dan Recycle). Artinya sampah plastik dari botol air meneral dimanfaatkan untuk menanam media tanam pohon, berusaha mengurangi pemakaian plastic sekali pakai, dan berusaha mengolah sampah untuk dipakai kembali.
Dalam divisi bank sampah, siswa hanya mengumpulkan berbagai plastik yang dapat dimanfaatkan kembali, artinya plastik yang masih layak dan dapat dimanfaatkan. bank sampah dapat bekerja sama dengan divisi lain, antara lain daur ulang dan komposting dimana dalam divisi tersebut, baik sampah organik atau non-organik dapat diolah kembali menjadi barang yang lebih bernilai, bahkan bisa dijual kembali untuk menambah uang jajan siswa itu sendiri.
Sekolah juga sudah menerapkan kewajiban siswa menggunakan botol minum yang dapat dipakai kembali (Tumbler) agar meminimalisir penggunaan plastik sekali pakai yang sulit terurai dalam lingkungan. Nah bagi siswa yang terlanjut membawa atau membeli minuman air mineral dengan botol plastik sekali pakai, maka sampahnya harus diserahkan ke bank sampah, agar bisa dimanfaatkan lebih baik.