Menghasilkan lulusan yang berkualitas agar mampu bersaing baik pada tingkat lokal, nasional maupun internasional dengan cara :

1. Meningkatkan rata-rata nilai ujian sekolah dan ujian nasional.
2. Meningkatkan jumlah peserta didik yang diterima di Perguruan Tinggi terkemuka.
3. Meningkatkan kemampuan di bidang penelitian, dan yang menunjukkan karakter berbudaya peduli lingkungan.
4. Mempersiapkan lulusan yang religius, mandiri, kreatif, inovatif, berakhlak mulia, dan berwawasan lingkungan.
5. Mempersiapkan lulusan yang berkarakter dan berbudaya Indonesia.
6. Meraih prestasi akademik dan non akademik dalam berbagai kejuaraan di tingkat lokal, nasional, dan internasional.
7. Meningkatkan fungsi ”The Research School” dan pusat studi sekolah berwawasan lingkungan, serta sebagai sekolah model pendidikan etika berlalu lintas.
8. Mengembangkan budaya dan karakter bangsa Indonesia bagi seluruh warga SMA Negeri 6 Yogyakarta.
9. Menjalin kerja sama dengan lembaga penelitian.
10. Menyelenggarakan pembelajaran yang berbasis pendekatan 5 M dengan basis Pembelajaran Aktif, Inovatif , Kreatif, Efektif dan Menyenangkan (PAIKEM).