Daur ulang di SMA Negeri 6 Yogyakarta adalah sebuah divisi yang bekerja untuk mengurangi dampak penggunaan sampah organik dan non-organik yang dihasilkan oleh warga sekolah, untuk kemudian diolah kembali menjadi barang dengan memiliki nilai guna. Diantaranya adalah sampah plastik, dapat didaur ulang menjadi berbagai aksesoris seperti tas belanja, kemudian untuk sampah organik dapat dimanfaatkan sebagai kompos dan pupuk diaman ini masuk dalam divisi komposting.

Barang hasil daur ulang, nantinya dapat dimanfaatkan untuk diperjual belikan di dalam kantin sekolah, kemudian hasil penjualannya dapat dimanfaatkan sebagai kas divisi daur ulang.