Adiwiyata merupakan sekolah yang unggul dalam pendidikan lingkungan hidup serta kepedulian sekolah terhadap lingkungan. Tujuan dari adanya program adiwiyata ini menuju pada sekolah yang peduli dan berbudaya lingkungan sehinggga semua warga sekolah harus peduli terhadap lingkungan dan berbudaya lingkungan SMA N 6 Yogyakarta menuju Adiwiyata Mandiri, dengan program pendidikan yang ramah lingkungan. Mulai dari visi, misi, tujuan, dan pengembangan diri terintegrasi lingkungan. Kepala Sekolah, Siti Hajarwati, M.Pd, Si menuturkan bahwa budaya peduli lingkungan harus tertanam di setiap warga sekolah, cinta lingkungan merupakan karakter sosial yang harus ada dalam setiap insan.
Kegiatan ekstrakurikuler merupakan wadah yang utama dalam pembentukan karakter peduli lingkungan walaupun dalam setiap pembelajaran di setiap mapel sudah disisipkan, namun wadah siswa dalam menuangkan ide dan kreativitasnya perlu ditampung melalui program pengembangna diri tersebut. Walaupun dalam suasana pandemi, kegiatan adiwiyata tetap berjalan pertama guru mengintegrasikan dalam mapelnya, kegiatan ekstakurikuler, serta praktik kegiatan siswa dalam setiap divisi. Kegiatannya nyata yang dikembangkan di SMAN 6 terbagi dalam 10 divisi: Keanekaragaman hayati, toga, composting, kantin, bank sampah, biopori, energy, greenhouse, daur ulang, dan jumantik. Masing-masing divisi mempunyai program kerja yang dibuat dan dilaksanakan oleh kader adiwiyata SMAN 6 Yogyakarta