Menghasilkan lulusan yang berkualitas agar mampu bersaing baik pada tingkat lokal, nasional maupun internasional dengan cara :
- Meningkatkan rata-rata nilai ujian sekolah dan ujian nasional.
- Meningkatkan jumlah peserta didik yang diterima di Perguruan Tinggi terkemuka.
- Meningkatkan kemampuan di bidang penelitian, dan yang menunjukkan karakter berbudaya peduli lingkungan.
- Mempersiapkan lulusan yang religius, mandiri, kreatif, inovatif, berakhlak mulia, dan berwawasan lingkungan.
- Mempersiapkan lulusan yang berkarakter dan berbudaya Indonesia.
- Meraih prestasi akademik dan non akademik dalam berbagai kejuaraan di tingkat lokal, nasional, dan internasional.
- Meningkatkan fungsi ”The Research School” dan pusat studi sekolah berwawasan lingkungan, serta sebagai sekolah model pendidikan etika berlalu lintas.
- Mengembangkan budaya dan karakter bangsa Indonesia bagi seluruh warga SMA Negeri 6 Yogyakarta.
- Menjalin kerja sama dengan lembaga penelitian.
- Menyelenggarakan pembelajaran yang berbasis pendekatan 5 M dengan basis Pembelajaran Aktif, Inovatif , Kreatif, Efektif dan Menyenangkan (PAIKEM).